中国农业大学经济管理学院源于1927年国立北平大学农学院成立的农业经济系。1949年原北京大学农学院、清华大学农学院和华北大学农学院合并成立北京农业大学,同时下设农业经济系。1952年高等院校院系调整时,从全国抽调的一批著名农业经济学家壮大了北京农业大学农业经济系。1985年扩建为农业经济管理学院,1993年扩建为经济管理学院。2002年6月经济管理学院和管理工程学院合并组建成现在的经济管理学院。原管理工程学院创立于1995年,由中国农业大学原乡镇企业与社会发展学院、管理工程教研室、系统工程教研室及农业经济教研室合并而成。
经济管理学院现拥有农林经济管理和应用经济学两个一级学科博士学位授予权,工商管理一级硕士学位授予权,农业经济管理博士后流动站。其中农林经济管理一级学科下的农业经济管理二级学科是国家级重点建设学科。经济管理学院是我国首批招收硕士生和博士生的单位,是国家教委首批颁布的具有博士、硕士和学士授予权的学科点,可授予经济学和管理学两种学位。学院还提供工商管理(MBA)、金融、会计等硕士专业学位的教育。经济管理学院重点培养高水平的科学研究人才,MBA教育重点培养期货、食品与农业企业、民营企业、中小企业、农产品国际贸易、项目管理等领域的职业经理人才。